На підставі згоди Міністерства освіти України (лист № 1/11-1696 від 14.07.98 р.), дозволу Міністерства агропромислового комплексу України (лист №37-18-13/7946 від 06.08.98 р.), а також рішення державної акредитаційної комісії Міністерства освіти України від 08.12.98 р. на видачу ліцензії для підготовки фахівців напрямку 0917 «Харчова технологія та інженерія» зі спеціальностей 7.091707 «Технологія зберігання, консервування та переробки м’яса» (ліцензія серія ВПД-ІП №198791), 7.091709 «Технологія зберігання, консервування та переробки молока» (ліцензія серія ВПД-ІП №198790) наказом ректора Сумського державного аграрного університету від 12 січня 1999 року №1-к відкритий факультет харчових технологій.
Поява саме такого факультету в складі Сумського аграрного університету була покликана до життя необхідністю об’єднання зусиль фахівців, що готували спеціалістів, зайнятих у сфері обслуговування та фахівців, що займалися підготовкою спеціалістів у сфері харчових технологій заради забезпечення регіону високоякісними спеціалістами у таких перспективних для сучасної економіки галузях.
Не зважаючи на той факт, що за часом оформлення даний факультет є одним з наймолодшим в структурі університету, він має глибоке історичне коріння.
З 2005 по 2009 роки факультет очолював Бондарчук Віктор Миколайович, к.с.-г.н., доцент кафедри технології м’яса і м’ясних продуктів. З 2009 по 2011 роки факультет очолював професор Машкін Микола Іванович. З 2011 по 2020 очолював роки факультет очолював к.т.н., доцент Радчук Олег Володимирович. В 2020 році в.о. декана факультету призначено к.т.н., доцента Мельник О.Ю.
Факультет веде підготовку фахівців з харчових технологій за спеціальністю 181 «Харчові технології».
Не менш давню історію мають і кафедри, що нині входять до складу факультету.
Однією з найстарших на факультеті є випускова кафедра технології виробництва і переробки продуктів тваринництват, яка була створена в 1999 році. В 2005 році кафедру було перейменовано на кафедру технології молока та молочних продуктів, в цьому ж році на кафедру технології мяса і м’ясних продуктів, а в 2009 році на кафедру технології молока и м’яса.
Ще однією кафедрою із давньою та славною історією є кафедра технології харчування, що веде свою історію з 2010 р., коли під керівництвом к.т.н., доцента Димитрієвич Любов Радоївни рішенням Державної акредитаційної комісії та наказом Міністерства освіти України кафедру було акредитовано за IV рівнем з правом проведення освітянської діяльності на рівні кваліфікаційних вимог бакалавра. У тому ж році керівництво кафедрою бере к.т.н., доцент Москаленко Ольга Василівна, колишня випускниця Харківського державного університету харчування та торгівлі. У 2011 р. завідуючим кафедрою стає к.с.-г.н., доцент Бондарчук Віктор Миколайович, а у 2013 й по теперішній час – д.т.н., професор Перцевой Федір Всеволодович.
У кінці 2015 р. наказом ректора на кафедрі технології харчування створено навчально-наукову лабораторію «Інноваційних технологій харчових продуктів», в якій протягом 2016-2019 рр. було проведено капітальний ремонт та оснащено необхідним лабораторним обладнанням. Ця лабораторія зараз – це потужна дослідницька база, де студенти, магістри на науково-педагогічні працівники можуть проводити наукові експерименти з актуальних проблем галузі. Окрім цього в рамках академічної мобільності на базі новоствореної лабораторії проводять дослідження магістри та аспіранти з інших наукових установ та вищих навчальних закладів не тільки України, а й інших держав (Китаю, Гани).
Своєрідним становим хребтом факультету є кафедра філософії та соціально-гуманітарних дисциплін, яка була заснована 17.07.1977, як кафедра суспільних наук. Першим виконуючим обов’язків завідувача кафедри був Анатовський Борис Іванович, доцент, кандидат економічних наук. В 1980 р. із кафедри суспільних наук виокремилася кафедра історії КПСС філософії та наукового комунізму. Завідувач кафедри Абрамов Анатолій Павлович доцент, кандидат історичних наук. В 1984 році із кафедри історії КПСС філософії та наукового комунізму виокремилася кафедра марксистсько – ленінської філософії, завідувачем кафедри був Тарєльник Борис Іванович професор, доктор філософських наук. В 1993 р. відбулася реорганізація кафедр суспільних дисциплін в кафедру історії України та суспільно – філософських дисциплін. В 1986 завідувачем кафедрою став Зуєв Володимир Миколайович, доцент, кандидат філософських наук. В 1996 році із кафедрі історії України та суспільно – філософських дисциплін була виокремлина кафедра «філософії та соціології». Завідуючим кафедри став Гнатюк Леонід Володимирович професор, кандидат філософських наук. В 2001 р. завідуючим кафедри став Вандишев Валентин Миколайович професор, доктор філософських наук. В 2009 р. завідуючим кафедри став Корнієнко Олександр Миколайович, доцент, кандидат філософських наук. З 2017 року кафедру очолює Шевель Анжеліка Олександрівна, доцент, кандидат філософських наук.
В 2019 році кафедру було перейменовано на кафедру філософії та соціально-гуманітарних дисциплін.
Локомотивом факультету є кафедра інженерних технологій харчових виробництв (спочатку кафедра технологічного обладнання харчових виробництв). Створено кафедру на підставі рішення Вченої ради СНАУ від 29 серпня 2001 року. Кафедра має інженерно-технологічну спрямованість, мета якої складається в організації навчального процесу по засвоєнню сучасних методів дослідження й експлуатації технологічного обладнання, вивченні основ інженерно-математичного і фізичного моделювання апаратів. Особлива увага спрямована на вивчення принципів оптимізації й інтенсифікації технологічних процесів, зниження енергетичних витрат і екологічної безпеки обладнання.
В даний час кафедру очолює к.т.н. доцент Рожкова Людмила Георгіївна.
